Quá trình điều tra vụ án, ngày 29/12/2018, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C01) đã ra Quyết định khởi tố bị can, thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam và khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Vũ Mạnh Hùng, Quyền Trưởng phòng Kế hoạch - Đầu tư, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, quy định tại Điều 356, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các quyết định tố tụng nêu trên, ngày 29/12/2018, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các biện pháp tố tụng theo đúng quy định của pháp luật.