Căn cứ kết quả điều tra, ngày 16/01/2024, Cơ quan An ninh điều tra Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Nguyễn Công Khế và Nguyễn Quang Thông về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí” theo Điều 219 Bộ Luật Hình sự. Viện kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã phê chuẩn các Quyết định và Lệnh trên.
Hiện vụ án đang được Cơ quan An ninh điều tra Công an Thành phố Hồ Chí Minh tập trung khẩn trương mở rộng điều tra để làm rõ sai phạm, trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức khác có liên quan, thu hồi tài sản cho Nhà nước.